Computer Simulation Study of dsDNA - Melting and Bubble Formation
DNA är en mycket viktig molekyl, eftersom den innehåller all vår genetiska information. DNA består av två komplementära strängar som tillsammans bildar en dubbelhelix. Varje sträng är en sekvens av nukleotider, med olika baser: adenin (A), tymin (T), guanin (G), och cytosin (C). A och T på olika strängar bildar baspar, likaså G och C. Därför kan man genom att läsa av ena strängen veta sekvensen påA simple coarse-grained model has been developed for the purpose of studying DNA melting and especially the formation of bubbles in the melting process. The inter-strand interaction includes terms for excluded volume and electrostatics, as well as a short-ranged attraction modelling hydrogen-bonding, differing for the two base pairs. Results were obtained by canonical Monte Carlo simulations. The
