Sabatakakis har studerat dialekternas utveckling under medeltid och resultaten har redovisats vid konferenser om dialektologi i Grekland. Hans egentliga forskning både under och efter forskarutbildningen rörde grekiskt medeltids- och renässansspråk och dess litteratur. Ett sidospår i hans forskning var de bysantinsk-arabiska relationerna ur ett både historiskt och litterärt perspektiv. Har han forskat vid Jordan University i Amman om "synen av den andre" i bysantinsk och arabisk litteratur under 2009. Vid samma universitet har han även undervisat i bysantinsk och nygrekisk litteratur under 2004.

Sabatakakis deltar i ett forskningsprojekt finansierat av Vetenskapsrådet om resenären och orientalisten Jonas Jacob Björnståhl. Han var den förste svensk som reste till det grekiska fastlandet i vetenskapligt syfte och den förste europé som reste i forskningssyfte till Thessalien. Sabatakakis delprojekt handlar om postkoloniala perspektiv på det som framställs som främmande. Koloniala diskurser verkar på olika nivåer samtidigt. Diskursiva motsägelser är inte ovanliga. Det kan gälla samhällsorganisation, demografiska rapporter, geografisk kartläggning, religioner mm. Olika nationaliteter nämns och beskrivs av Björnståhl i hans brev och reseskildringar, dels de som lever i de länder han reser till, dels utlänningar bosatta i dessa länder. Vidare forskar Sabatakakis om grecisten Björnståhl och hans förhållande till Grekland och grekerna. Detta delprojekt kommer senare att utvecklas i ett bredare projekt som handlar om svenska resenärer i Grekland mellan 1600- och 1900-talet. En annan resenär som Sabatakakis forskar om är Adolf Fredrik Sturtzenbecker (1757-1784) som reste i Björnståhls spår och även han dog i Grekland. Dennes dagbok kommer att ges ut i samarbete med Johan Heldt från Institutionen för lingvistik och filologi vid Uppsala universitet.

Projektet Concordance of a Rebétiko Corpus syftar till att skapa en konkordans över rebétikogenrens sångtexter med en alfabetisk ordlista och en frekvensordlista för vidare forskning på genrens språk och i synnerhet ordförråd. I forskningen används det korpus som sammanställts för avhandlingen Fire, Poison, and Black Tears – Metaphors of Emotion in Rebétiko (2012). I avhandlingen studeras metaforer för känslouttryck i den populärmusikaliska genren rebétiko, en utbredd musikstil i det moderna Grekland. Rebétikosångernas texter innehåller en stor mängd metaforiska uttryck som till karaktären är utpräglat känslomässiga. Känslometaforerna i rebétiko granskas mot bakgrund av de teorier om konceptuella metaforer som George Lakoff och Mark Johnson utvecklade på 1980-talet. Marianna Smaragdi undersökte om vissa frekvent återkommande ord och fraser i sångtexterna ska tolkas som bokstavliga eller bildliga, och i analysen undersöks även om de påträffade metaforerna är konventionella eller kreativa, liksom om de är universella eller kulturspecifika. Hon har vidareutvecklat metaforteorin. Den metodologi som hon har arbetat med hjälper henne att mer vetenskapligt tolka och beskriva känsloyttringar och samhällets acceptans av dessa.

Inom seminarieverksamheten har det även lagts fram exempel på manligt och kvinnligt språk i grekisk litteratur från sent 1800-tal till idag. Det har startats forskning om olika författare, både manliga och kvinnliga, som har använt sig av "den andra könets" språk. Denna verksamhet är under utveckling.

I samarbete med prof. i lingvistik vid Athens universitet Christoforos Charalambakis har Sabatakakis deltagit i dennes lexikonarbetet som finansieras av Athens Academy och som kommer att bli klart under 2013. Det är det största användarlexikon som hittills har gjorts och Sabatakakis har årligen haft seminarier om och samarbetat i projektet.

Efterkrigslitteraturen har det bedrivits forskning om och det har skrivits en avhandling om 1970-talsgenerationen. Avhandlingens författare Ann-Margaret Mellberg fortsätter att skriva artiklar och föreläsa om den grekiska efterkrigslitteraturen. Sabatakakis håller på med en större artikel om Kiki Dimoula, en prisbelönt grekisk kvinnlig lyriker och akademiledamot som har klassats som Greklands bäst kända poet i efterkrigstiden. Han skriver om hennes språkbruk som är okonventionellt och fyllt av metaforer, såväl gamla som nya uttryck.

Nygrekiska i Lund är ansvarig utgivare av tidskriften Scandinavian Journal of Modern Greek Studies som ges ut i Norden av neogrecister. Sabatakakis är även medredaktör i Studia Graeca et Latina Lundensia, en serie där avhandlingar inom grekiska och latin ges ut.